mecobalamin’s diary

人間万事塞翁が馬

サイトの検索結果をスクレイピングする

まとめサイトの検索結果がある 例えば病院を探すサイト、病院なびを使う東京都豊島区で探すと938件表示される https://byoinnavi.jp/tokyo/toshimaku この検索結果から住所や電話番号を抜き出してテキストにしたい 1 医療法人 梅華会東長崎駅前内科クリニッ…

iOSのショートカットでJSONファイルを使う

iOSのショートカットアプリでJSONファイルを使えたのでメモ目的はショートカットアプリで ポケモンの攻撃と防御の相性を表示すること 相性の組み合わせをJSONファイルに記録した どっかのサイトを見ながら入力したので 間違っているところもあるかもここから…

Pythonで時系列グラフに水平線と矢印を入れる

show_ad(ad_url_photo01, ad_url_link01, ad_ex01); 以前Pythonで時系列グラフを作成した mecobalamin.hatenablog.comこのグラフに矢印と水平線を加える つまりこのグラフの任意の場所に矢印と水平線を加えて このようにする 元のデータはCSVで500行ぐらいあ…

メモ: DockerでNginxを使う

使い方を忘れていたのでメモNginxの起動 $ docker run --rm -v /e/www:/usr/share/nginx/html -d -p 8080:80 --name nginx nginx 起動中のコンテナの確認 $ docker ps CONTAINER ID IMAGE COMMAND CREATED STATUS PORTS NAMES ea3663501739 nginx "/docker-e…

Pythonを使って人口ピラミッドのグラフを作る

show_ad(ad_url_photo01, ad_url_link01, ad_ex01); Pythonのseabornを使って以下のような人口ピラミッドのグラフを作りたい 元のデータ man woman 90+ 47.0 128.0 80 - 89 174.0 205.0 70 - 79 321.0 257.0 60- 69 562.0 393.0 50 - 59 604.0 442.0 40 - 49…

TimedeltaIndexをastypeで変換する

日付の差分をとってヒストグラムを作る元のデータはこれ a b 1 2021年1月15日 2021年1月16日 2 2021年1月14日 2021年1月16日 3 2021年1月14日 2021年1月16日 4 2021年1月15日 2021年1月16日 5 2021年1月15日 2021年1月16日 6 2021年1月13日 2021年1月16日 以…

Pythonでtweetを収集する

~~~追記~~~ 2021/12/18 6:46 エラーが出て動かない 久々に使ったのでいつからエラーが出るようになったか不明 twint.token.RefreshTokenException: Could not find the Guest token in HTML原因を調べてわかったら記事を書き直します。 ~~~追記ここまで~~~~~…

Rでboxplotとbeeswarmを重ねて表示、その2

show_ad(ad_url_photo04, ad_url_link04, ad_ex04); Rを使ってboxplotとbeeswarmを重ねて表示する 一度記事を書いているので今回はその2 mecobalamin.hatenablog.com時系列データを曜日でまとめてbeeswarmでプロットする こんなグラフができる boxplot.png元…

メモリの換装

メモリを換装した オリジナルより動作クロックの高いメモリが無事動いたのでメモPCはAsusのノートPCのUX310UAK スペックはこんな感じ CPU 第7世代 インテル Core i5 7200U(Kaby Lake) 2.5GHz/2コア 画面サイズ 13.3 インチ メモリ容量 8GB メモリ規格 DDR4 P…

pythonで時系列の線グラフを作る

show_ad(ad_url_photo01, ad_url_link01, ad_ex01); Pythonを使って上のようなグラフを作る 前回はヒストグラムだったが今回は線グラフ mecobalamin.hatenablog.com元のデータは以下のようなCSV形式 Date, a, b, c, d 2020/11/24 16:42:20, 143, 101, 63, 20…

メモ:Pythonで時系列グラフの作成

show_ad(ad_url_photo01, ad_url_link01, ad_ex01); 時系列のデータをグラフにするとき ハマったところをメモ 参考にしたサイト note.nkmk.me oku.edu.mie-u.ac.jp元のデータはこれを使った 陽性者一覧(CSV:175KB)csvのカラムは以下のようになっている 確…

JBrowseをDockerで動かす、その7、イメージの作成

mecobalamin.hatenablog.com 続きです 前回までに作ったコンテナをイメージにする イメージにするとインストールしたコマンドなどが保存される使用しているコンテナは以下のコマンドで起動しているとする $ docker run --rm -v /e/hoge:/tmp/fuga -v JBrowse…

JBrowseをDockerで動かす、その6、bamファイルの登録

mecobalamin.hatenablog.com 続きです前回はJBrowseのテストデータを表示した 今回は自作のbamファイルをJBrowseに表示するbamファイルは以下のように作った mecobalamin.hatenablog.com できたのは次の2ファイル sort_SRR6799791.bam sort_SRR6799791.bam.…

JBrowseをDockerで動かす、その5、Nginxの起動とJBrowseへのアクセス

続きです mecobalamin.hatenablog.comJBrowseにアクセスするウェブサーバーをVMに起動する 使用するウェブサーバーはNginx エンジンエックスと呼ぶらしい nginx - Wikipedia起動は次のようにする $ docker run --rm -v JBrowse:/usr/share/nginx/html/ -d -p…

JBrowseをDockerで動かす、その4、JBrowseのインストール

続きです mecobalamin.hatenablog.comボリュームのJBrowseにJBrowseをインストールする 名前を一緒にしてしまってややこしい以下のコマンドでマウントしているものとする $ docker run --rm -v /e/hoge:/tmp/fuga -v JBrowse:/usr/share/nginx/html/ -it --n…

JBrowseをDockerで動かす、その3、Dockerfileのbuild

続きです mecobalamin.hatenablog.comJBrowseをインストールする環境を DockerのUbuntuに作成する 作成にはDockerfileを利用する以下のような内容のテキストファイルを ファイル名をDockerfileとして 任意のディレクトリに保存する FROM ubuntu:latest RUN a…

JBrowseをDockerで動かす、その2、Docker volumeの作成

続きです mecobalamin.hatenablog.comJBrowse本体とBamファイルはDockerのボリュームに保存する Dockerのボリュームとは ボリュームとは、Docker コンテナーにおいて生成され利用されるデータを、永続的に保持する目的で利用される仕組みです。 ボリュームの…

JBrowseをDockerで動かす、その1、VMの作成とネットワーク設定

DockerのUbuntuにJBrowseをインストールし Nginxを使ってローカルネットワークで bamファイルを共有する JBrowseはDockerの永続ボリュームである Docker volume上にインストールするメリットはなんだろうコンテナ間でファイルの共有しつつ そのファイルをロ…

はてなブログでスタイルシートを使う

[ダッシュボード]などの左のツールバーから [デザイン] -> [カスタマイズ] -> [デザインCSS] でスタイルシートにアクセスできるdivタグなどのstyleを指定するには スタイルシートに以下の記述を加える .hogehoge{ display: table; border: solid thin #dcdcd…

Windows Terminalのインストールと設定

うごかして学ぶWindows PowerShell作者:柏原基規発売日: 2015/11/04メディア: Kindle版 つい最近、WSLをPowerShellから起動できることを知った 以下のようにするだけ $ wsl 今までWSLをインストールしたときに標準でつかえる ターミナルエミュレータを使って…

pythonでirisのデータセットを使う

show_ad(ad_url_photo01, ad_url_link01, ad_ex01); pythonでもirisのデータセットを使える mecobalamin.hatenablog.comこちらのサイトで紹介されている Sklearnを使ってみる1 - ぴろの狂人日記 iris以外のデータセットも使える scikit-learnのサンプルデー…

pandasでgroupbyを使う

show_ad(ad_url_photo01, ad_url_link01, ad_ex01); pythonのpandasで表の集計をしている groupbyが便利だったのでメモgroupbyについて参考にした Pandasのgroupbyを使った要素をグループ化して処理をする方法 - DeepAge例えばirisのデータで種毎に平均値を…

Pythonista3でTableviewを使う

PythonではじめるiOSプログラミング作者:掌田 津耶乃発売日: 2019/10/31メディア: Kindle版Pythonisata3でui.tableviewを使うときにハマったのでメモ.pyuiファイルにTextFieldを配置したとき TextFieldの中身はsuperviewで読み出せる 例えばTextFieldの名前…

WSLとJupyter-notebookでCNN、その2、CNNを試す

Programming for Computations - MATLAB/Octave: A Gentle Introduction to Numerical Simulations with MATLAB/Octave (Texts in Computational Science and Engineering Book 14) (English Edition)作者:Linge, Svein,Langtangen, Hans Petter発売日: 2016…

WSLとJupyter-notebookでCNN、その1、環境構築

Programming for Computations - Python: A Gentle Introduction to Numerical Simulations with Python (Texts in Computational Science and Engineering Book 15) (English Edition)作者:Linge, Svein,Langtangen, Hans Petter発売日: 2016/07/25メディア…

Pythonで数値のみの入力

以前、選択肢を数字で選ばせる pythonのスクリプトの記事を書いた mecobalamin.hatenablog.com該当する部分は以下のコード print('計算の種類を選んで数字を入力してね') print('1: 少数のたし算・ひき算') print('2: 大きな数のかけ算') print('3: あまりの…

Pythonista3でpythonプログラミング

pythonプログラミングに利用している iOSアプリのPythonista3 mecobalamin.hatenablog.com mecobalamin.hatenablog.com割と色々できて便利まずはpythonistaについてiOS上で動作する革命的ものづくり環境「Pythonista 3」の魅力をとくと語る iOS上で動作する…

RNA-seqその10、Dockerで環境構築

show_ad(ad_url_photo06, ad_url_link06, ad_ex06); RNA-Seqのパイプラインに限らず 他人のスクリプトが自分の環境では うまく動かないことはよくある話かと言ってクリーンな環境を 毎回用意もできないそこでDockerをつかって クリーンなubuntuに RNA-Seqの…

WSLで動くDockerのストレージサイズを変える

show_ad(ad_url_photo06, ad_url_link06, ad_ex06); WSLで動くDockerでTrinityを動かしたい Trinityについては過去記事を参照 mecobalamin.hatenablog.comUbuntuのイメージを実行して 足りないコマンドをインストールして Trinityを動かせたがストレージサイ…

pythonで計算問題をつくる

小学校が休校になって一ヶ月以上になる 自宅学習をさせているけど 計算問題をこなす数が足りない気がしたので pythonの勉強も兼ねてiPadのpythonisata3を使って ランダムに計算問題を作るスクリプトを書いた出力したいのは 2-3桁の掛け算 あまりのある割り算…