使い方を忘れていたのでメモまずDocker machineの起動と終了 $ docker-machine.exe start $ docker-machine.exe stop Nginxの起動 $ docker run --rm -v /e/www:/usr/share/nginx/html -d -p 8080:80 --name nginx nginx 起動中のコンテナの確認 $ docker ps…

mecobalamin.hatenablog.com 続きです 前回までに作ったコンテナをイメージにする イメージにするとインストールしたコマンドなどが保存される使用しているコンテナは以下のコマンドで起動しているとする $ docker run --rm -v /e/hoge:/tmp/fuga -v JBrowse…

mecobalamin.hatenablog.com 続きです前回はJBrowseのテストデータを表示した 今回は自作のbamファイルをJBrowseに表示するbamファイルは以下のように作った mecobalamin.hatenablog.com できたのは次の２ファイル sort_SRR6799791.bam sort_SRR6799791.bam.…

続きです mecobalamin.hatenablog.comJBrowseにアクセスするウェブサーバーをVMに起動する 使用するウェブサーバーはNginx エンジンエックスと呼ぶらしい nginx - Wikipedia起動は次のようにする $ docker run --rm -v JBrowse:/usr/share/nginx/html/ -d -p…

続きです mecobalamin.hatenablog.comボリュームのJBrowseにJBrowseをインストールする 名前を一緒にしてしまってややこしい以下のコマンドでマウントしているものとする $ docker run --rm -v /e/hoge:/tmp/fuga -v JBrowse:/usr/share/nginx/html/ -it --n…

続きです mecobalamin.hatenablog.comJBrowseをインストールする環境を DockerのUbuntuに作成する 作成にはDockerfileを利用する以下のような内容のテキストファイルを ファイル名をDockerfileとして 任意のディレクトリに保存する FROM ubuntu:latest RUN a…

続きです mecobalamin.hatenablog.comJBrowse本体とBamファイルはDockerのボリュームに保存する Dockerのボリュームとは ボリュームとは、Docker コンテナーにおいて生成され利用されるデータを、永続的に保持する目的で利用される仕組みです。 ボリュームの…

DockerのUbuntuにJBrowseをインストールし Nginxを使ってローカルネットワークで bamファイルを共有する JBrowseはDockerの永続ボリュームである Docker volume上にインストールするメリットはなんだろうコンテナ間でファイルの共有しつつ そのファイルをロ…

write_adv(adv_url_006); RNA-Seqのパイプラインに限らず 他人のスクリプトが自分の環境では うまく動かないことはよくある話かと言ってクリーンな環境を 毎回用意もできないそこでDockerをつかって クリーンなubuntuに RNA-Seqのパイプラインを実行できる …

write_adv(adv_url_006); WSLで動くDockerでTrinityを動かしたい Trinityについては過去記事を参照 mecobalamin.hatenablog.comUbuntuのイメージを実行して 足りないコマンドをインストールして Trinityを動かせたがストレージサイズが足りなくて途中で止ま…

write_adv(adv_url_007); wslでdockerを使っている dockerのコンテナからwindowsのにアクセスしたい そのためにdockerからwindowsのディレクトリにマウントする環境は windows10 home, version 1909 virtual box, version 5.2.20 r125813 (Qt5.6.2) Docker t…

dockerをwslで動くようにインストールした mecobalamin.hatenablog.com とりあえずhello-worldは動いたが、目的のコンテナが動いてくれないもうちょっと情報集め試しに他のコンテナが動くかどうかを調べたいDocker Hubってのがあった https://hub.docker.com…

5 October 2020 追記 誤字の修正 追記ここまで1 June 2019追記 インストールをやり直したらうまくいかない操作があったので書き直した 追記ここまで使いたいコマンドがDockerで配布されてたのでインストールしたいDockerとはなんぞや。。。 無償の「Docker f…