JBrowse
mecobalamin.hatenablog.com 続きです 前回までに作ったコンテナをイメージにする イメージにするとインストールしたコマンドなどが保存される使用しているコンテナは以下のコマンドで起動しているとする $ docker run --rm -v /e/hoge:/tmp/fuga -v JBrowse…
mecobalamin.hatenablog.com 続きです前回はJBrowseのテストデータを表示した 今回は自作のbamファイルをJBrowseに表示するbamファイルは以下のように作った mecobalamin.hatenablog.com できたのは次の２ファイル sort_SRR6799791.bam sort_SRR6799791.bam.…
続きです mecobalamin.hatenablog.comJBrowseにアクセスするウェブサーバーをVMに起動する 使用するウェブサーバーはNginx エンジンエックスと呼ぶらしい nginx - Wikipedia起動は次のようにする $ docker run --rm -v JBrowse:/usr/share/nginx/html/ -d -p…
続きです mecobalamin.hatenablog.comボリュームのJBrowseにJBrowseをインストールする 名前を一緒にしてしまってややこしい以下のコマンドでマウントしているものとする $ docker run --rm -v /e/hoge:/tmp/fuga -v JBrowse:/usr/share/nginx/html/ -it --n…
続きです mecobalamin.hatenablog.comJBrowseをインストールする環境を DockerのUbuntuに作成する 作成にはDockerfileを利用する以下のような内容のテキストファイルを ファイル名をDockerfileとして 任意のディレクトリに保存する FROM ubuntu:latest RUN a…
続きです mecobalamin.hatenablog.comJBrowse本体とBamファイルはDockerのボリュームに保存する Dockerのボリュームとは ボリュームとは、Docker コンテナーにおいて生成され利用されるデータを、永続的に保持する目的で利用される仕組みです。 ボリュームの…
DockerのUbuntuにJBrowseをインストールし Nginxを使ってローカルネットワークで bamファイルを共有する JBrowseはDockerの永続ボリュームである Docker volume上にインストールするメリットはなんだろうコンテナ間でファイルの共有しつつ そのファイルをロ…
JBrowseにpluginを追加するインストール方法はここを参考にした。 How do I install a plugin JBrowse FAQ - GMOD試しにSashimiPlotのプラグインをインストールする まずpluginのダウンロードして展開 ディレクトリの名前をリネームするして JBrowseのディレ…
GRCh38とhg38はヒトゲノムのシークエンスデータ ほとんど一緒らしい。 前にも引用させてもらったけどここに説明がある。 GRCh38とhg38の違い(含むミトコンドリア) GRCh38染色体名(ヘッダ行)が長く(gi|568815597|ref|NC_000001.11|)、hg38は簡潔(chr1)。 ヘッ…
JBrowseでbamを表示させるとリードがずらーっと並ぶ 実際にいくつあるのかわかりやすくするために ヒストグラムで表示したいbamをbigwig形式にする bam2wigとwigToBigWigを使う ここを参考にした bamからbigWigとWiggle Formatに変換するツール - macでイン…
RNAseqの結果をリファレンス配列にマッピングする mecobalamin.hatenablog.comレファレンスデータはヒトのゲノムデータ Human Genome Resources at NCBI - NCBI ここからReference Genome Sequenceをダウンロード28 Feb. 2019追記 ヒトゲノムデータにはデー…
インストールしたJBrowseにゲノムデータを表示させる表示させるのは レファレンスにするヒトのゲノムデータと GRCh38_latest_genomic.fna ref_GRCh38.p12_top_level.gff3HeLaのRNAseqのデータから作ったbamファイル こっちが実験データの代わりになる sort_S…
12 October 2020 追記 mecobalamin.hatenablog.com JBrowseをdockerで動くようにした最低限必要なコマンドやライブラリをインストールした 以下の記事を参照する mecobalamin.hatenablog.comdockerが使えていればubuntuのコンテナに JBrowseをインストールす…
24 February 2019 追記 やり直したので新しい方のリンク mecobalamin.hatenablog.comxlocale.hがなくてJBrowseのインストールで詰まった前回も参照したサイトに方法があった。 xlocale.h not found on Ubuntu while installing · Issue #16 · agracio/electr…
24 February 2019 追記 やり直したので新しい方のリンク mecobalamin.hatenablog.comゲノムデータをブラウザで表示するツールにJBrowseがある。 JBrowse · A fast, embeddable genome browser built with HTML5 and JavaScript 元論文はこちら JBrowse · A f…
