mecobalamin’s diary

人間万事塞翁が馬

JBrowse

JBrowseをDockerで動かす、その7、イメージの作成

mecobalamin.hatenablog.com 続きです 前回までに作ったコンテナをイメージにする イメージにするとインストールしたコマンドなどが保存される使用しているコンテナは以下のコマンドで起動しているとする $ docker run --rm -v /e/hoge:/tmp/fuga -v JBrowse…

JBrowseをDockerで動かす、その6、bamファイルの登録

mecobalamin.hatenablog.com 続きです前回はJBrowseのテストデータを表示した 今回は自作のbamファイルをJBrowseに表示するbamファイルは以下のように作った mecobalamin.hatenablog.com できたのは次の2ファイル sort_SRR6799791.bam sort_SRR6799791.bam.…

JBrowseをDockerで動かす、その5、Nginxの起動とJBrowseへのアクセス

続きです mecobalamin.hatenablog.comJBrowseにアクセスするウェブサーバーをVMに起動する 使用するウェブサーバーはNginx エンジンエックスと呼ぶらしい nginx - Wikipedia起動は次のようにする $ docker run --rm -v JBrowse:/usr/share/nginx/html/ -d -p…

JBrowseをDockerで動かす、その4、JBrowseのインストール

続きです mecobalamin.hatenablog.comボリュームのJBrowseにJBrowseをインストールする 名前を一緒にしてしまってややこしい以下のコマンドでマウントしているものとする $ docker run --rm -v /e/hoge:/tmp/fuga -v JBrowse:/usr/share/nginx/html/ -it --n…

JBrowseをDockerで動かす、その3、Dockerfileのbuild

続きです mecobalamin.hatenablog.comJBrowseをインストールする環境を DockerのUbuntuに作成する 作成にはDockerfileを利用する以下のような内容のテキストファイルを ファイル名をDockerfileとして 任意のディレクトリに保存する FROM ubuntu:latest RUN a…

JBrowseをDockerで動かす、その2、Docker volumeの作成

続きです mecobalamin.hatenablog.comJBrowse本体とBamファイルはDockerのボリュームに保存する Dockerのボリュームとは ボリュームとは、Docker コンテナーにおいて生成され利用されるデータを、永続的に保持する目的で利用される仕組みです。 ボリュームの…

JBrowseをDockerで動かす、その1、VMの作成とネットワーク設定

DockerのUbuntuにJBrowseをインストールし Nginxを使ってローカルネットワークで bamファイルを共有する JBrowseはDockerの永続ボリュームである Docker volume上にインストールするメリットはなんだろうコンテナ間でファイルの共有しつつ そのファイルをロ…

JBrowseにplug-inを追加する

JBrowseにpluginを追加するインストール方法はここを参考にした。 How do I install a plugin JBrowse FAQ - GMOD試しにSashimiPlotのプラグインをインストールする まずpluginのダウンロードして展開 ディレクトリの名前をリネームするして JBrowseのディレ…

hg38のfastaとgtf/gff3

GRCh38とhg38はヒトゲノムのシークエンスデータ ほとんど一緒らしい。 前にも引用させてもらったけどここに説明がある。 GRCh38とhg38の違い(含むミトコンドリア) GRCh38染色体名(ヘッダ行)が長く(gi|568815597|ref|NC_000001.11|)、hg38は簡潔(chr1)。 ヘッ…

bigwigの作成と表示

JBrowseでbamを表示させるとリードがずらーっと並ぶ 実際にいくつあるのかわかりやすくするために ヒストグラムで表示したいbamをbigwig形式にする bam2wigとwigToBigWigを使う ここを参考にした bamからbigWigとWiggle Formatに変換するツール - macでイン…

RNA-seqその5、Hisat2でマッピング

RNAseqの結果をリファレンス配列にマッピングする mecobalamin.hatenablog.comレファレンスデータはヒトのゲノムデータ Human Genome Resources at NCBI - NCBI ここからReference Genome Sequenceをダウンロード28 Feb. 2019追記 ヒトゲノムデータにはデー…

JBrowseでbamファイルを表示する

インストールしたJBrowseにゲノムデータを表示させる表示させるのは レファレンスにするヒトのゲノムデータと GRCh38_latest_genomic.fna ref_GRCh38.p12_top_level.gff3HeLaのRNAseqのデータから作ったbamファイル こっちが実験データの代わりになる sort_S…

JBrowseのインストール、三度目の正直

12 October 2020 追記 mecobalamin.hatenablog.com JBrowseをdockerで動くようにした最低限必要なコマンドやライブラリをインストールした 以下の記事を参照する mecobalamin.hatenablog.comdockerが使えていればubuntuのコンテナに JBrowseをインストールす…

JBrowseのインストール 続き

24 February 2019 追記 やり直したので新しい方のリンク mecobalamin.hatenablog.comxlocale.hがなくてJBrowseのインストールで詰まった前回も参照したサイトに方法があった。 xlocale.h not found on Ubuntu while installing · Issue #16 · agracio/electr…

JBrowseのインストール

24 February 2019 追記 やり直したので新しい方のリンク mecobalamin.hatenablog.comゲノムデータをブラウザで表示するツールにJBrowseがある。 JBrowse · A fast, embeddable genome browser built with HTML5 and JavaScript 元論文はこちら JBrowse · A f…