mecobalamin’s diary

人間万事塞翁が馬

R

Rでboxplotとbeeswarmを重ねて表示、その2

show_ad(ad_url_photo04, ad_url_link04, ad_ex04); Rを使ってboxplotとbeeswarmを重ねて表示する 一度記事を書いているので今回はその2 mecobalamin.hatenablog.com時系列データを曜日でまとめてbeeswarmでプロットする こんなグラフができる boxplot.png元…

Rでboxplotとbeeswarmを重ねて表示

show_ad(ad_url_photo04, ad_url_link04, ad_ex04); boxplotに元データの点を重ねたい 蜂群図(ほうぐんず)というらしいこちらのサイトを参考にさせてもらった Takuro FUJITA@NIT, Fukui College | 考えたこと・読んだこと・研究したことの記録 ビースウォ…

RNA-seqその9、DESeq2を使った正規化

show_ad(ad_url_photo08, ad_url_link08, ad_ex08); 以前edgeRでリードカウントの正規化をした 同じ結果をDESeq2を使って正規化してみる 正規化の方法が違うらしいDESeq2のマニュアル これは読むべき Analyzing RNA-seq data with DESeq2マニュアルはDESeq2…

今度はshell scriptで

検索でこのページが引っかかっているようですが 消しちゃったので別の記事を載せます以前pythonとRでやったことをShell scriptでも書いてみた mecobalamin.hatenablog.com mecobalamin.hatenablog.com書いたスクリプトはこれ #!/bin/bash ppap_array=() ppap…

RNA-seqその8、edgeRを使ったTMM正規化

show_ad(ad_url_photo05, ad_url_link05, ad_ex05); 21 June 2019追記 文章を少し修正した 追記ここまでfeatrureCountの結果をedgeRを使って正規化するこのtutorialのpdfファイルと以下のリンク先を参考にしたStatistical analysis of RNA-Seq data http://w…

Rで折れ線グラフ

Rで時系列データの折れ線グラフを作る グラフを書くことよりも日付の処理が面倒だったのでそのメモ show_ad(ad_url_photo03, ad_url_link03, ad_ex03); 12 December 2020 追記 データは異なるがPythonでも書いてみた mecobalamin.hatenablog.com 追記ここま…

scriptを止める

Atomが起動しなくなったので 再インストールここからダウンロード Atomインストールしたらそのまま使えた パッケージもインストールされてた 設定ファイルは残っているみたいだ起動しなくなった理由だけど Rのスクリプトをscript pluginで実行したら スペル…

メモ: リードカウントデータの正規化について

17 May 2019追記 メモした内容で実際に正規化してみた mecobalamin.hatenablog.com mecobalamin.hatenablog.com追記ここまで show_ad(ad_url_photo03, ad_url_link03, ad_ex03); featureCountsでリードカウントしたあとに 複数のデータを比較する場合、 カウ…

RNA-seqその6、featureCountsでリードカウント

前回作ったbamファイルを使って発現量を調べる mecobalamin.hatenablog.com使うコマンドはfeatureCountこちらのサイトを参考にした featureCount で bam と gtf からリードカウントを得る | Tips for NGS Data Analysis https://ncrna.jp/blog/item/387-feat…

Atomでscript

普段使っているエディターはAtom 殆どいじっていないが、 pythonとRを実行できるようにしてある 必要なpackageは scriptとlanguage-rpackageをインストールしたら windowsのシステム環境変数で Rscriptのディレクトリにパスを通す \R-3.5.0\binwindowsの設定…

ベクター形式で保存

これまでグラフはpng形式で出力してきた あとから編集したりなにかに載せるなら ベクター形式で出力しておきたい Scalable Vector Graphics - Wikipediaベクター形式を使うことが殆どなく Illsutratorぐらいしか編集ソフトも知らなかったRではsvg形式で出力…

クラスタリングとヒートマップをexcel形式で出力

Rで結果を出力するときwrite.table()を使って CSV形式で出力するのが楽だが、 結果をExcelでくれ!ってなる場合もあるそれにクラスタリングした結果を並べ替えたり 色を付けなおしたりするにはExcel便利なので一度Rで計算して結果をExcelファイルに出力するE…

Rでクラスタリングとヒートマップ

show_ad(ad_url_photo03, ad_url_link03, ad_ex03); Rでクラスタリングをしてその結果を ヒートマップと樹状図で表示するには pheatmapのライブラリを使うクラスタリングだけならdist()とhclust()を使えばできるが、 ヒートマップも一緒にとなるとpheatmapか…

ファイルの読み込み

元データが複数あるなら まとめて処理してくれると便利だ例えばirisのデータが種類ごとに分かれていて かつ地域ごとに保存されているとする chibaとsaitamaの2地域で、3種類に分かれている場合がこれ 180910_Iris-data_chiba_setosa_results.txt 180910_Iris…

Rで散布図とヒストグラム

irisのデータから散布図とヒストグラムを作る 前回も使ったけどirisのデータセットって?irisの正体を調べた方がいた irisの正体 (R Advent Calendar 2012 6日目) - どんな鳥も "アヤメ属の3種 (Iris setosa,Iris versicolor,Iris virginica) の"、 "sepal…

Rで棒グラフにエラーバーをつける

show_ad(ad_url_photo03, ad_url_link03, ad_ex03); 何かしらデータを取ったらグラフ作ってエラーバーを加えて 統計的有意差があるかを確認をするのだが データ量が増えるとエクセルだとめんどいRで棒グラフを書いてエラーバーを作れるようにしたirisのデー…

次はRで

前回pythonで書いたことを今度はRに移植 p <- c("PEN", "APPLE", "PINEAPPLE") word <- "" while(word != "PEN, PINEAPPLE, APPLE, PEN"){ n <- as.integer(runif(4, min = 1, max = 4)) word <- c(p[n[1]]) for(j in 2:4){ word <- paste(word, p[n[j]], se…