mecobalamin’s diary

人間万事塞翁が馬

R

Rで折れ線グラフ

Rで時系列データの折れ線グラフを作る グラフを書くことよりも日付の処理が面倒だったのでそのメモ作りたいのは気温と海水温の時系列グラフ 気温と海水温の軸を左右に分けて、日付の軸は共通にする 折れ線グラフの赤が海水温で青が気温を示す気温と海水温の…

scriptを止める

Atomが起動しなくなったので 再インストールここからダウンロード Atomインストールしたらそのまま使えた パッケージもインストールされてた 設定ファイルは残っているみたいだ起動しなくなった理由だけど Rのスクリプトをscript pluginで実行したら スペル…

メモ: リードカウントデータの正規化について

featureCountsでリードカウントしたあとに 複数のデータを比較する場合、 カウントの正規化が必要らしいまだ良くわかってないので 参考にしているサイトのリンクを張っておく ペアエンドのサンプルをリードカウントするときのコマンドがあった featureCounts…

RNA-seqその6、featureCountsでリードカウント

前回作ったbamファイルを使って発現量を調べる mecobalamin.hatenablog.com使うコマンドはfeatureCountこちらのサイトを参考にした featureCount で bam と gtf からリードカウントを得る | Tips for NGS Data Analysis https://ncrna.jp/blog/item/387-feat…

Atomでscript

普段使っているエディターはAtom 殆どいじっていないが、 pythonとRを実行できるようにしてある 必要なpackageは scriptとlangage-rpackageをインストールしたら windowsのシステム環境設定で Rscriptのディレクトリにパスを通す \R-3.5.0\binやってたはずだ…

ベクター形式で保存

これまでグラフはpng形式で出力してきた あとから編集したりなにかに載せるなら ベクター形式で出力しておきたい Scalable Vector Graphics - Wikipediaベクター形式を使うことが殆どなく Illsutratorぐらいしか編集ソフトも知らなかったRではsvg形式で出力…

クラスタリングとヒートマップをexcel形式で出力

Rで結果を出力するときwrite.table()を使って CSV形式で出力するのが楽だが、 結果をExcelでくれ!ってなる場合もあるそれにクラスタリングした結果を並べ替えたり 色を付けなおしたりするにはExcel便利なので一度Rで計算して結果をExcelファイルに出力するE…

Rでクラスタリングとヒートマップ

Rでクラスタリングをしてその結果を ヒートマップと樹状図で表示するには pheatmapのライブラリを使うクラスタリングだけならdist()とhclust()を使えばできるが、 ヒートマップも一緒にとなるとpheatmapかな Rとクラスター(1)他にもあるかもしれないけれど…

ファイルの読み込み

元データが複数あるなら まとめて処理してくれると便利だ例えばirisのデータが種類ごとに分かれていて かつ地域ごとに保存されているとする chibaとsaitamaの2地域で、3種類に分かれている場合がこれ 180910_Iris-data_chiba_setosa_results.txt 180910_Iris…

Rで散布図とヒストグラム

irisのデータから散布図とヒストグラムを作る 前回も使ったけどirisのデータセットって?irisの正体を調べた方がいた irisの正体 (R Advent Calendar 2012 6日目) - どんな鳥も "アヤメ属の3種 (Iris setosa,Iris versicolor,Iris virginica) の"、 "sepal…

Rで棒グラフにエラーバーをつける

そろそろ本題 何かしらデータを取ったらグラフ作ってエラーバーを加えて 統計的有意差があるかを確認をするのだが データ量が増えるとエクセルだとめんどいRで棒グラフを書いてエラーバーを作れるようにしたirisのデータでグラフを書く 結果はこんな感じ 元…

次はRで

前回pythonで書いたことを今度はRに移植 p <- c("PEN", "APPLE", "PINEAPPLE") word <- "" while(word != "PEN, PINEAPPLE, APPLE, PEN"){ n <- as.integer(runif(4, min = 1, max = 4)) word <- c(p[n[1]]) for(j in 2:4){ word <- paste(word, p[n[j]], se…