mecobalamin’s diary

人間万事塞翁が馬

RNA-seq

RNA-seqその10、Dockerで環境構築

show_ad(ad_url_photo06, ad_url_link06, ad_ex06); RNA-Seqのパイプラインに限らず 他人のスクリプトが自分の環境では うまく動かないことはよくある話かと言ってクリーンな環境を 毎回用意もできないそこでDockerをつかって クリーンなubuntuに RNA-Seqの…

RNA-seqその8、edgeRを使ったTMM正規化

show_ad(ad_url_photo05, ad_url_link05, ad_ex05); 21 June 2019追記 文章を少し修正した 追記ここまでfeatrureCountの結果をedgeRを使って正規化するこのtutorialのpdfファイルと以下のリンク先を参考にしたStatistical analysis of RNA-Seq data http://w…

RNA-seqその7、TrinityでアセンブルしてBlastにかける

TrinityでシークエンスデータをアセンブルしてBlastにかけるそのためにまずhisat2でゲノムにマッピングしたデータをアセンブルし、 できたfastaファイルをもとにblastのデータベースを作る そしてこのデータベースと目的の遺伝子を 記入したfastaファイルを…

メモ: リードカウントデータの正規化について

17 May 2019追記 メモした内容で実際に正規化してみた mecobalamin.hatenablog.com mecobalamin.hatenablog.com追記ここまで show_ad(ad_url_photo03, ad_url_link03, ad_ex03); featureCountsでリードカウントしたあとに 複数のデータを比較する場合、 カウ…

hg38のfastaとgtf/gff3

GRCh38とhg38はヒトゲノムのシークエンスデータ ほとんど一緒らしい。 前にも引用させてもらったけどここに説明がある。 GRCh38とhg38の違い(含むミトコンドリア) GRCh38染色体名(ヘッダ行)が長く(gi|568815597|ref|NC_000001.11|)、hg38は簡潔(chr1)。 ヘッ…

RNA-seqその6、featureCountsでリードカウント

前回作ったbamファイルを使って発現量を調べる mecobalamin.hatenablog.com使うコマンドはfeatureCountこちらのサイトを参考にした featureCount で bam と gtf からリードカウントを得る | Tips for NGS Data Analysis https://ncrna.jp/blog/item/387-feat…

RNA-seqその5、Hisat2でマッピング

RNAseqの結果をリファレンス配列にマッピングする mecobalamin.hatenablog.comレファレンスデータはヒトのゲノムデータ Human Genome Resources at NCBI - NCBI ここからReference Genome Sequenceをダウンロード28 Feb. 2019追記 ヒトゲノムデータにはデー…

RNA-seqその4、Fastqファイルのマージ

クリーニングしたFastqファイルを一つにまとめる mecobalamin.hatenablog.complinseq-liteで評価の良かったリードだけをマージする ファイル名に"gd"を含むファイルを使うことになる read 1とread 2を区別するマージしたファイルは、マージ前と同じディレク…

RNA-seqその3、trimmomatic

分割したFastqファイルのクリーニングをする mecobalamin.hatenablog.comtrimmomaticについて Trimmomatic | FASTQ クリーニングツールtrimmomaticを実行するとファイルへのアクセスがとても多い windowsのタスクマネージャーを見ると 解析するデータが大き…

JBrowseでbamファイルを表示する

インストールしたJBrowseにゲノムデータを表示させる表示させるのは レファレンスにするヒトのゲノムデータと GRCh38_latest_genomic.fna ref_GRCh38.p12_top_level.gff3HeLaのRNAseqのデータから作ったbamファイル こっちが実験データの代わりになる sort_S…

JBrowseのインストール、三度目の正直

12 October 2020 追記 mecobalamin.hatenablog.com JBrowseをdockerで動くようにした最低限必要なコマンドやライブラリをインストールした 以下の記事を参照する mecobalamin.hatenablog.comdockerが使えていればubuntuのコンテナに JBrowseをインストールす…

RNA-seqその2、データのダウンロードと変換

シークエンスのデータの入手方法には 公共のデータベースからシークエンスデータをダウンロードする シークエンスを行う などがある。今回は公共のデータベースのデータを使う 公共データベースによって登録されているファイル形式は異なる NCBIはSRA、DDBJ/…

RNA-seqその1、インストール

wsl上でRNA-seqの解析を行う 手順を教えてもらったのでそのメモメモするのは コマンドのインストール(このページ) RNA-seqその2、データのダウンロードと変換 - mecobalamin’s diary RNA-seqその3、trimmomatic - mecobalamin’s diary RNA-seqその4、Fast…