RNA-seq
write_adv(adv_url_006); RNA-Seqのパイプラインに限らず 他人のスクリプトが自分の環境では うまく動かないことはよくある話かと言ってクリーンな環境を 毎回用意もできないそこでDockerをつかって クリーンなubuntuに RNA-Seqのパイプラインを実行できる …
write_adv(adv_url_005); 21 June 2019追記 文章を少し修正した 追記ここまでfeatrureCountの結果をedgeRを使って正規化するこのtutorialのpdfファイルと以下のリンク先を参考にしたStatistical analysis of RNA-Seq data http://www.nathalievialaneix.eu/d…
TrinityでシークエンスデータをアセンブルしてBlastにかけるそのためにまずhisat2でゲノムにマッピングしたデータをアセンブルし、 できたfastaファイルをもとにblastのデータベースを作る そしてこのデータベースと目的の遺伝子を 記入したfastaファイルを…
17 May 2019追記 メモした内容で実際に正規化してみた mecobalamin.hatenablog.com mecobalamin.hatenablog.com追記ここまで write_adv(adv_url_003); featureCountsでリードカウントしたあとに 複数のデータを比較する場合、 カウントの正規化が必要らしい…
GRCh38とhg38はヒトゲノムのシークエンスデータ ほとんど一緒らしい。 前にも引用させてもらったけどここに説明がある。 GRCh38とhg38の違い(含むミトコンドリア) GRCh38染色体名(ヘッダ行)が長く(gi|568815597|ref|NC_000001.11|)、hg38は簡潔(chr1)。 ヘッ…
前回作ったbamファイルを使って発現量を調べる mecobalamin.hatenablog.com使うコマンドはfeatureCountこちらのサイトを参考にした featureCount で bam と gtf からリードカウントを得る | Tips for NGS Data Analysis https://ncrna.jp/blog/item/387-feat…
RNAseqの結果をリファレンス配列にマッピングする mecobalamin.hatenablog.comレファレンスデータはヒトのゲノムデータ Human Genome Resources at NCBI - NCBI ここからReference Genome Sequenceをダウンロード28 Feb. 2019追記 ヒトゲノムデータにはデー…
クリーニングしたFastqファイルを一つにまとめる mecobalamin.hatenablog.complinseq-liteで評価の良かったリードだけをマージする ファイル名に"gd"を含むファイルを使うことになる read 1とread 2を区別するマージしたファイルは、マージ前と同じディレク…
分割したFastqファイルのクリーニングをする mecobalamin.hatenablog.comtrimmomaticについて Trimmomatic | FASTQ クリーニングツールtrimmomaticを実行するとファイルへのアクセスがとても多い windowsのタスクマネージャーを見ると 解析するデータが大き…
インストールしたJBrowseにゲノムデータを表示させる表示させるのは レファレンスにするヒトのゲノムデータと GRCh38_latest_genomic.fna ref_GRCh38.p12_top_level.gff3HeLaのRNAseqのデータから作ったbamファイル こっちが実験データの代わりになる sort_S…
12 October 2020 追記 mecobalamin.hatenablog.com JBrowseをdockerで動くようにした最低限必要なコマンドやライブラリをインストールした 以下の記事を参照する mecobalamin.hatenablog.comdockerが使えていればubuntuのコンテナに JBrowseをインストールす…
シークエンスのデータの入手方法には 公共のデータベースからシークエンスデータをダウンロードする シークエンスを行う などがある。今回は公共のデータベースのデータを使う 公共データベースによって登録されているファイル形式は異なる NCBIはSRA、DDBJ/…
wsl上でRNA-seqの解析を行う 手順を教えてもらったのでそのメモメモするのは コマンドのインストール(このページ) RNA-seqその２、データのダウンロードと変換 - mecobalamin’s diary RNA-seqその３、trimmomatic - mecobalamin’s diary RNA-seqその４、Fast…
