mecobalamin’s diary

人間万事塞翁が馬

https://help.hatenablog.com/entry/developer-option

Trinity

RNA-seqその10、Dockerで環境構築

write_adv(adv_url_006); RNA-Seqのパイプラインに限らず 他人のスクリプトが自分の環境では うまく動かないことはよくある話かと言ってクリーンな環境を 毎回用意もできないそこでDockerをつかって クリーンなubuntuに RNA-Seqのパイプラインを実行できる …

WSLで動くDockerのストレージサイズを変える

write_adv(adv_url_006); WSLで動くDockerでTrinityを動かしたい Trinityについては過去記事を参照 mecobalamin.hatenablog.comUbuntuのイメージを実行して 足りないコマンドをインストールして Trinityを動かせたがストレージサイズが足りなくて途中で止ま…

RNA-seqその7、TrinityでアセンブルしてBlastにかける

TrinityでシークエンスデータをアセンブルしてBlastにかけるそのためにまずhisat2でゲノムにマッピングしたデータをアセンブルし、 できたfastaファイルをもとにblastのデータベースを作る そしてこのデータベースと目的の遺伝子を 記入したfastaファイルを…