mecobalamin’s diary

人間万事塞翁が馬

https://help.hatenablog.com/entry/developer-option

gtf

フォーマット変換、GTF -> BED -> BAM

GTFファイルからBAMファイルにフォーマットを変換したいまずフォーマットについて。 GTF/GFF GTFとGFFフォーマット - macでインフォマティクスSAM/BAM BAM – 遺伝子発現解析(マイクロアレイ解析, RNA-seq) https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/mapping/sam.ht…

hg38のfastaとgtf/gff3

GRCh38とhg38はヒトゲノムのシークエンスデータ ほとんど一緒らしい。 前にも引用させてもらったけどここに説明がある。 GRCh38とhg38の違い(含むミトコンドリア) GRCh38染色体名(ヘッダ行)が長く(gi|568815597|ref|NC_000001.11|)、hg38は簡潔(chr1)。 ヘッ…