mecobalamin’s diary

人間万事塞翁が馬

JBrowseのインストール

24 February 2019 追記
やり直したので新しい方のリンク
mecobalamin.hatenablog.com

ゲノムデータをブラウザで表示するツールにJBrowseがある。
JBrowse · A fast, embeddable genome browser built with HTML5 and JavaScript
元論文はこちら
JBrowse · A fast, embeddable genome browser built with HTML5 and JavaScript

仕事で必要なので、試しにwslにインストールした。

JBrowseのアーカイブをダウンロードして展開。

$ wget https://github.com/GMOD/jbrowse/archive/1.16.1-release.tar.gz
$ tar -zxvf 1.16.1-release.tar.gz

で、できたディレクトリjbrowse-1.16.1にある
setup.shを実行するだけで、セットアップ終了、
のはずなのだが、それ以外のところでいろいろ引っかかった。

このシェルスクリプトを動かすにはperlが必要。
別件でインストール済みだったminicondaの
perlをそのまま使うことにした。
結局perl入れなおすことになるのだが。

ちなみにminicondaのインストール方法は配布元から
シェルスクリプトを落としてきて実行するだけ。
配布元はこちら
Miniconda — Conda documentation

$ cd ~/
$ cd mkdir ./tmp
$ cd ./tmp
$ wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

perlも含まれている。

これでオッケーのはずだったのだが、
perl moduleのコンパイルエラーが出る。
logファイルにはこんな感じで出力されてる。

/bin/sh: 1: /tmp/build/80754af9/perl_1527832170752/_build_env/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc: not found

x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gccが見つからない。
condaでインストールできるらしい
x86_64-conda_cos6-linux-gnu-c++ command not found · Issue #770 · RcppCore/Rcpp · GitHub

minicondaにパッケージをインストールするときは、
ここから探す
:: Anaconda Cloud

$ conda install -c conda-forge/label/gcc7 gxx_linux-64

jbrowse-1.16.1/setup.shを実行するが、
まだコンパイルエラーが出る。。。

インストールされてないのはこれら。

 ! Installing the dependencies failed: Module 'Devel::Size' is not installed, Module 'DB_File' is not installed, Module 'Bio::FeatureIO' is not installed, Module 'DBD::SQLite' is not installed, Module 'Bio::SeqFeature::Annotated' is not installed, Module 'Heap::Simple::XS' is not installed, Module 'JSON::XS' is not installed, Module 'PerlIO::gzip' is not installed, Module 'DBI' is not installed

perl moduleのコンパイルエラーなので、
cpanを使ったインストールを試したけどそれもだめ。
ちなみにcpanとは
CPAN - Wikipedia
cpanのインストール方法は

$ perl -MCPAN -e shell

perl moduleのインストールは

$ cpan
cpan[1]> install PerlIO::gzip

みたいにする

それでも同じようにコンパイルエラーが出る
上でも出したけどよくよく見るとコンパイラのpathがおかしい
こんなディレクトリないな

 /tmp/build/80754af9/perl_1527832170752/_build_env/

perlで使うコンパイラディレクトリは

~/miniconda3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi/Config.pm

で指定されてるけどなんかいろいろ変だ。

別のPCに入れてあったminicondaを確認すると同じように
変なpathだったので、書き換えてしまったわけではなさそう。
Perlの入れ直しをする

$ conda install -c conda-forge perl

Config.pmで指定されているpathは"/usr/local/lib"になった
これでsetup.shを実行するとコンパイラは見つかったっぽいが。。。
今度はincludeファイルがないときた。。。

perl.h:738:13: fatal error: xlocale.h: そのようなファイルやディレクトリはありません
 #   include <xlocale.h>

配布がなくなったみたい
xlocale.h not found on Ubuntu while installing · Issue #16 · agracio/electron-edge-js · GitHub

さてどうしたものか。。。
続きます