JBrowseのインストール
24 February 2019 追記
やり直したので新しい方のリンク
mecobalamin.hatenablog.com
ゲノムデータをブラウザで表示するツールにJBrowseがある。
JBrowse · A fast, embeddable genome browser built with HTML5 and JavaScript
元論文はこちら
JBrowse · A fast, embeddable genome browser built with HTML5 and JavaScript
仕事で必要なので、試しにwslにインストールした。
JBrowseのアーカイブをダウンロードして展開。
$ wget https://github.com/GMOD/jbrowse/archive/1.16.1-release.tar.gz
$ tar -zxvf 1.16.1-release.tar.gz
で、できたディレクトリjbrowse-1.16.1にある
setup.shを実行するだけで、セットアップ終了、
のはずなのだが、それ以外のところでいろいろ引っかかった。
このシェルスクリプトを動かすにはperlが必要。
別件でインストール済みだったminicondaの
perlをそのまま使うことにした。
結局perl入れなおすことになるのだが。
ちなみにminicondaのインストール方法は配布元から
シェルスクリプトを落としてきて実行するだけ。
配布元はこちら
Miniconda — Conda documentation
$ cd ~/ $ cd mkdir ./tmp $ cd ./tmp $ wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh $ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
perlも含まれている。
これでオッケーのはずだったのだが、
perl moduleのコンパイルエラーが出る。
logファイルにはこんな感じで出力されてる。
/bin/sh: 1: /tmp/build/80754af9/perl_1527832170752/_build_env/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc: not found
x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gccが見つからない。
condaでインストールできるらしい
x86_64-conda_cos6-linux-gnu-c++ command not found · Issue #770 · RcppCore/Rcpp · GitHub
minicondaにパッケージをインストールするときは、
ここから探す
:: Anaconda Cloud
$ conda install -c conda-forge/label/gcc7 gxx_linux-64
jbrowse-1.16.1/setup.shを実行するが、
まだコンパイルエラーが出る。。。
インストールされてないのはこれら。
! Installing the dependencies failed: Module 'Devel::Size' is not installed, Module 'DB_File' is not installed, Module 'Bio::FeatureIO' is not installed, Module 'DBD::SQLite' is not installed, Module 'Bio::SeqFeature::Annotated' is not installed, Module 'Heap::Simple::XS' is not installed, Module 'JSON::XS' is not installed, Module 'PerlIO::gzip' is not installed, Module 'DBI' is not installed
perl moduleのコンパイルエラーなので、
cpanを使ったインストールを試したけどそれもだめ。
ちなみにcpanとは
CPAN - Wikipedia
cpanのインストール方法は
$ perl -MCPAN -e shell
perl moduleのインストールは
$ cpan cpan[1]> install PerlIO::gzip
みたいにする
それでも同じようにコンパイルエラーが出る
上でも出したけどよくよく見るとコンパイラのpathがおかしい
こんなディレクトリないな
/tmp/build/80754af9/perl_1527832170752/_build_env/
~/miniconda3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi/Config.pm
で指定されてるけどなんかいろいろ変だ。
別のPCに入れてあったminicondaを確認すると同じように
変なpathだったので、書き換えてしまったわけではなさそう。
Perlの入れ直しをする
$ conda install -c conda-forge perl
Config.pmで指定されているpathは"/usr/local/lib"になった
これでsetup.shを実行するとコンパイラは見つかったっぽいが。。。
今度はincludeファイルがないときた。。。
perl.h:738:13: fatal error: xlocale.h: そのようなファイルやディレクトリはありません # include <xlocale.h>
配布がなくなったみたい
xlocale.h not found on Ubuntu while installing · Issue #16 · agracio/electron-edge-js · GitHub
さてどうしたものか。。。
続きます
