mecobalamin’s diary

人間万事塞翁が馬

JBrowseのインストール 続き

24 February 2019 追記
やり直したので新しい方のリンク
mecobalamin.hatenablog.com

xlocale.hがなくてJBrowseのインストールで詰まった

前回も参照したサイトに方法があった。
xlocale.h not found on Ubuntu while installing · Issue #16 · agracio/electron-edge-js · GitHub

無理やりだけどリンクを貼る。

$ sudo ln -s /usr/include/locale.h /usr/include/xlocale.h

今度はdb.hがない
まとめてエラー出してくれよ―
あってるかわからないけどminicondaのlibdbに同じ名前のがあったので
これもリンクを貼る

$ sudo ln -s /home/hogehoge/miniconda3/pkgs/libdb-6.1.26-0/include/db.h /usr/include/

condaでlibdbのパッケージをインストールしても良さそう

$ conda install -c bioconda libdb 

と、ここまで書いてみたのだが、
実際いろいろやってて忘れてきてるので
ざっとまとめてみる

手順は

  1. JBrowseのアーカイブを展開し、/var/www/html/以下などに移動する
  2. JBrowseのディレクトリのオーナーを変更する
  3. 必要なpluginを/jbrowse/pluginにコピーする
  4. package.jsonとyarn.lockを別ディレクトリにコピーをとっておく
  5. node.jsをインストールする
  6. /jbrowse/setup.shを実行する
  7. volvoxとyeastのデータディレクトリができれば成功
  8. データの入ったディレクトリを/jbrowse/にコピーする
  9. ウェブサーバー経由でブラウザに表示する

JBrowseの配布元はここ
jbrowse.org

setup.shを動かす前までの作業も紹介されてる
こんな感じ。

curl -O https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.1-release/JBrowse-1.16.1.zip
unzip JBrowse-1.16.1.zip
sudo mv JBrowse-1.16.1 /var/www/html/jbrowse
cd /var/www/html
sudo chown `whoami` jbrowse
cd jbrowse
./setup.sh # don't do sudo ./setup.sh

JBrowseのアーカイブにはpackage.jsonが含まれていて、
setup.shを実行するとpackage.jsonをもとに
必要なパッケージをインストールしてくれる

node.jsはここ
nodejs.org
npmも一緒にインストールされる
忘れずにパスを通す

前回も書いたけど、使うperlでエラーが出たりした。
Perlubuntuにはじめから入っている(/usr/bin/)のが問題なさそう。
setup.shがエラーを吐かなかった。
minicondaのはコンパイラを示すディレクトリがなんか変で
コンパイルエラーが出る

インストールに問題があってやり直すときの注意点。
setup.shを何度も実行するとインストールされる
パッケージの依存関係がおかしくなる様子。
追記があるのかpackage.jsonとyarn.lockのサイズが変わってく。
なので、setup.shを実行する前に
package.jsonとyarn.lockを削除して、
アーカイブ展開直後の変更の加えられていない
ファイルと置き換えるとうまくいった

それと、setup.shの実行にsudoを使ってはいけないらしい
まずJBrowseのディレクトリ以下についてオーナーを変更する
それからsetup.shを実行する

つくられたvolvoxとyeastのデータはブラウザで表示できる
以前やったみたいにpowershellpythonを使って
ウェブサーバーを立ち上げる
mecobalamin.hatenablog.com
サーバー経由でファイルを読み込ませるとうまくいった

http://192.168.100.110:8080/jbrowse-1.16.1-release/index.html?data=sample_data%2Fjson%2Fvolvox

こんな感じに表示される
f:id:mecobalamin:20190118200501p:plain