メモ: コマンドのリンク先とWSLのCPU使用率
condaでパッケージをインストールするときの注意点
pythonとパッケージをインストールしたはずなんだけど
コマンド実行中にモジュールが見つからないってエラーが出ることがある
実際Trinityを使っててnumpyがないってエラーがでた
パッケージを入れてあるか確認。
$ conda list
numpyの1.15.4がインストールされてる。
pythonは3.6.8
pythonを実行して確認するとバージョンが違う
$ python --version
Python 2.7.15rc1
/usr/binにインストールされてるpythonを使っていたようだ
ubuntuには予めpythonがインストールされてて
condaで入れたpython/packageとは別になる
さてどうしよう。。。
このときは~/bin以下にminiconda3で入れたpythonのリンクを貼った
~/.bashrcにこんな感じでpathを記入して~/binにpathを通す
すでに書かれている場合は追記で。
前ほど優先順位が高いので、他のプログラムで使っているコマンドとの兼ね合いもある
export PATH="$HOME/bin:/usr/bin:$HOME/miniconda3/bin:$PATH"
~/binにpythonリンクを貼る
$ ln -s $HOME/miniconda3/bin/python $HOME/bin
これでcondaで入れたpythonとパッケージを使えるようになる
それとWSLの問題について
WSLでコマンドを実行中にwindowsのタスクマネージャーを見ると
CPUの使用率がやたらと高い時がある
perlだったりubuntuだったりならわかるが
windows defender antivirus serviceの使用率が
30-40%程度になることがある
ググるとwindowsに以前からある問題らしい
ここを参考に設定をした
Windows10の重い遅い対策 - Qiita
やったのはMsMpEng.exeを検疫対象から外して
WSLのdataが入るディレクトリを丸ごと除外した
書き込んだファイルをすべてチェックしようとするため
書き込みの多いコマンドを使うとチェックが続いて
結果CPUの使用率が上がる
Trinityでは大量にfastqファイルが生成されるらしく
それがいちいち検疫される
この設定の結果、windows defender antivirus serviceの
CPU使用率がやや下がった
常に使用率1番だったのが順位が入れ替わるようになって
10-20%台まで落ちてる
少しでも他にリソースが回せるようになったのは助かる