mecobalamin’s diary

人間万事塞翁が馬

https://help.hatenablog.com/entry/developer-option

メモ: コマンドのリンク先とWSLのCPU使用率

condaでパッケージをインストールするときの注意点
pythonとパッケージをインストールしたはずなんだけど
コマンド実行中にモジュールが見つからないってエラーが出ることがある

実際Trinityを使っててnumpyがないってエラーがでた
パッケージを入れてあるか確認。

$ conda list

numpyの1.15.4がインストールされてる。
pythonは3.6.8

pythonを実行して確認するとバージョンが違う

$ python --version
Python 2.7.15rc1

/usr/binにインストールされてるpythonを使っていたようだ
ubuntuには予めpythonがインストールされてて
condaで入れたpython/packageとは別になる
さてどうしよう。。。

このときは~/bin以下にminiconda3で入れたpythonのリンクを貼った

~/.bashrcにこんな感じでpathを記入して~/binにpathを通す
すでに書かれている場合は追記で。
前ほど優先順位が高いので、他のプログラムで使っているコマンドとの兼ね合いもある

export PATH="$HOME/bin:/usr/bin:$HOME/miniconda3/bin:$PATH"

~/binにpythonリンクを貼る

$ ln -s $HOME/miniconda3/bin/python $HOME/bin

これでcondaで入れたpythonとパッケージを使えるようになる

それとWSLの問題について
WSLでコマンドを実行中にwindowsのタスクマネージャーを見ると
CPUの使用率がやたらと高い時がある
perlだったりubuntuだったりならわかるが
windows defender antivirus serviceの使用率が
30-40%程度になることがある

ググるwindowsに以前からある問題らしい
ここを参考に設定をした
Windows10の重い遅い対策 - Qiita

やったのはMsMpEng.exeを検疫対象から外して
WSLのdataが入るディレクトリを丸ごと除外した

書き込んだファイルをすべてチェックしようとするため
書き込みの多いコマンドを使うとチェックが続いて
結果CPUの使用率が上がる
Trinityでは大量にfastqファイルが生成されるらしく
それがいちいち検疫される

この設定の結果、windows defender antivirus serviceの
CPU使用率がやや下がった
常に使用率1番だったのが順位が入れ替わるようになって
10-20%台まで落ちてる
少しでも他にリソースが回せるようになったのは助かる