JBrowseにplug-inを追加する
JBrowseにpluginを追加する
インストール方法はここを参考にした。
How do I install a plugin
JBrowse FAQ - GMOD
試しにSashimiPlotのプラグインをインストールする
まずpluginのダウンロードして展開
ディレクトリの名前をリネームするして
JBrowseのディレクトリにコピーする
SashimiPlot 0.1.3
Releases · elsiklab/sashimiplot · GitHub
$ wget https://github.com/elsiklab/sashimiplot/archive/0.1.3.tar.gz $ tar -zxvf 0.1.3.tar.gz $ mv sashimiplot-0.1.3/ /var/www/html/jbrowse/plugins/SashimiPlot/
次に/var/www/html/jbrowse/jbrowse.confにプラグインの名前を追加する
よくわからないけどディレクトリの名前と同じにする必要があった
[GENERAL] plugins += SashimiPlot
/var/www/html/jbrowse/setup.shを実行する
$ ./setup.sh
最後にtrackList.jsonを編集する
sashimiplot/README.md at master · elsiklab/sashimiplot · GitHub
SashimiPlotで表示したいbamファイルを記入する
{ "label": "hogehoge_junctions", "storeClass": "JBrowse/Store/SeqFeature/BAM", "type": "SashimiPlot/View/Track/Sashimi", "urlTemplate": "hogehoge.bam", "chunkSizeLimit": 50000000, "useXS": true }
ブラウザで表示した結果がこれ
上からBigWigのヒストグラム、SashimiPlot、ch38のgff
刺し身には見えないけれども。
Why is it called sashimi_plot?
What is sashimi_plot? — MISO documentation