mecobalamin’s diary

人間万事塞翁が馬

JBrowseにplug-inを追加する

JBrowseにpluginを追加する

インストール方法はここを参考にした。
How do I install a plugin
JBrowse FAQ - GMOD

試しにSashimiPlotのプラグインをインストールする
まずpluginのダウンロードして展開
ディレクトリの名前をリネームするして
JBrowseのディレクトリにコピーする

SashimiPlot 0.1.3
Releases · elsiklab/sashimiplot · GitHub

$ wget https://github.com/elsiklab/sashimiplot/archive/0.1.3.tar.gz
$ tar -zxvf 0.1.3.tar.gz
$ mv sashimiplot-0.1.3/ /var/www/html/jbrowse/plugins/SashimiPlot/

次に/var/www/html/jbrowse/jbrowse.confにプラグインの名前を追加する
よくわからないけどディレクトリの名前と同じにする必要があった

[GENERAL]
plugins += SashimiPlot

/var/www/html/jbrowse/setup.shを実行する

$ ./setup.sh

最後にtrackList.jsonを編集する
sashimiplot/README.md at master · elsiklab/sashimiplot · GitHub

SashimiPlotで表示したいbamファイルを記入する

  {
      "label": "hogehoge_junctions",
      "storeClass": "JBrowse/Store/SeqFeature/BAM",
      "type": "SashimiPlot/View/Track/Sashimi",
      "urlTemplate": "hogehoge.bam",
      "chunkSizeLimit": 50000000,
      "useXS": true
  }

ブラウザで表示した結果がこれ
上からBigWigのヒストグラム、SashimiPlot、ch38のgff

f:id:mecobalamin:20190320145923p:plain

刺し身には見えないけれども。
Why is it called sashimi_plot?
What is sashimi_plot? — MISO documentation