JBrowseをDockerで動かす、その6、bamファイルの登録

前回はJBrowseのテストデータを表示した
今回は自作のbamファイルをJBrowseに表示する

bamファイルは以下のように作った
mecobalamin.hatenablog.com
できたのは次の２ファイル
sort_SRR6799791.bam
sort_SRR6799791.bam.bai

比較につかうヒトゲノムのgff3ファイルと
faファイルは以下のように作った
mecobalamin.hatenablog.com
できたのは次の２ファイル
merge_chrom.fa
ref_GRCh38.p12_top_level.gff3

この４ファイルを使う

まずmerge_chrom.faとref_GRCh38.p12_top_level.gff3を
ホストOSからJBrowseのボリュームにコピーする
コピーのやり方だが例えば以下の記事ではホストOSと
ボリュームの両方にマウントしつつ
dockerのUbuntuを起動しているのでコピーできる
JBrowseをDockerで動かす、その4、JBrowseのインストール - mecobalamin’s diary

faとgff3を保存するディレクトリは何でもいいがここではdbとする
JBrowseをインストールしたディレクトリに移動し
以下のようにスクリプトを実行して
faとgff3ファイルを登録する

$ cd /var/share/nginx/html/jbrowse
$ bin/prepare-refseqs.pl --fasta ../db/merge_chrom.fa --out HeLa_SRR6799791_dev --trackLabel GRCh38_latest_genomic --seqType dna
$ bin/flatfile-to-json.pl --gff ../db/ref_GRCh38.p12_top_level.gff3 --trackType CanvasFeatures --out HeLa_SRR6799791_dev --trackLabel ref_GRCh38

次にbamファイルの登録する
上のスクリプトを実行すると配列を保存するディレクトリが作られる
この場合はHeLa_SRR6799791_devである
このディレクトリにbamというディレクトリを作り
手持ちのbamとbam.baiをコピーする
そして以下のスクリプトを実行する

$ cd HeLa_SRR6799791_dev
$ ../bin/add-bam-track.pl --label HeLa_SRR6799791 --bam_url bam/sort_SRR6799791.bam --in trackList.json

ホストOSのブラウザから以下のアドレスにアクセスすると
登録したbamファイルを見られる

http://192.168.0.4:8000/jbrowse/index.html?data=HeLa_SRR6799791_dev

192.168.0.4はホストのIPアドレスで
ホストのIPアドレスはwslではifconfigを使う

とりあえずここまでで手持ちのbamファイルを表示できた

続きます