メモ: リードカウントデータの正規化について

17 May 2019追記
メモした内容で実際に正規化してみた
mecobalamin.hatenablog.com
mecobalamin.hatenablog.com

追記ここまで

featureCountsでリードカウントしたあとに
複数のデータを比較する場合、
カウントの正規化が必要らしい

まだ良くわかってないので
参考にしているサイトのリンクを張っておく

ペアエンドのサンプルをリードカウントするときのコマンドがあった
featureCounts
RNA seqのリードカウント featureCounts - macでインフォマティクス

正規化の方法にはRLE正規化とTMM正規化があって、
求める正規化のファクターが異なる
これらの正規化方法を利用してるのがDESeq/DESeq2やedgeRで、
Rのライブラリーとして配布されている

DESeq2を使った正規化でサンプルの処理をしている
サルマップ2018 (3) DESeq2による標準化と可視化まで
サルマップ2018 (3) DESeq2による標準化と可視化まで - ノンコーディングRNAネオタクソノミ

28 April 2019追記
edgeR: リードカウントから発現変動遺伝子を検出 - Heavy Watal
こちらにあったがedgeRのUser's Guideが詳しい
まだ読んでる途中だがCase Studiesもある

library(edgeR)
edgeRUsersGuide(view=TRUE)

でpdfを表示できる
なおedgeR、DESeq2ともにアップデートがあったようだ
それについてはこの記事の最後に追記した
追記ここまで

edgeRとDESeq2はbioconductorを使ってインストールする
Bioconductor - Home
パッケージマネージャーのBiocManagerをインストールしてから
ライブラリをインストールする

RはwindowsのRGuiを使っていて
versionは3.5.2

BiocManagerのインストール
Bioconductor - Install

edgeRのインストール
Bioconductor - edgeR

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("edgeR", version = "3.8")

DESeq2のインストール
Bioconductor - DESeq2

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2", version = "3.8")

とりあえずライブラリのインストールまで済んだ

28 April 2019追記、その２
edgeR、DESeq2ともにアップデートがあったようだ
インストールのコマンド

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("edgeR", version = "3.8")

を再実行するといくつかのパッケージがアップデートされた
それに伴いRのパッケージも手動でアップデートする必要があった

例えば

library(edgeR)

でlibraryを読み込ませたときに
足りないパッケージが表示される
(Rccpだったかな。。。)

RGuiの場合はツールバーから
[パッケージ]->[パッケージのインストール]を選択
先にCRANのミラーサイトを選択する
次にパッケージを選んでインストールする

install.packages("Rccp", dependencies = TRUE)

でインストールできる
このときCRANのミラーサイトが選ばれていなければ
選択するウィンドウが表示される

追記ここまで

mecobalamin’s diary