2019-01-01から1年間の記事一覧
write_adv(adv_url_015); iOSのショートカットが便利 mecobalamin.hatenablog.com文字列の操作ができたのでそのメモ 文字列から正規表現を使って 数値とピリオドを取り出して ファイルに保存する参考にしたサイト 【ショートカット】テキストとコンテンツグ…
write_adv(adv_url_016); 10 December 2019追記 追加で記事を書いた mecobalamin.hatenablog.com 追記ここまでiOSのどのバージョンからかわからないけれど ショートカットアプリがインストールされているショートカットApple仕事効率化無料apps.apple.com"iO…
write_adv(adv_url_009); pdfファイルの結合をしたい windowsだとAdobe Acrobatだろうか 有料 第2章 | PDFの作成CubePDFってのが無料らしい 使ったこと無いけど PDF 結合・分割ソフト CubePDF Pageブラウザ使ってオンラインで結合ってのもあるらしい 使った…
Image Jで新しくショートカットキーの登録をしたい 登録したいのはスタック画像から スライスを削除するショートカットimageJでshortcutkeyを登録する | LifeScienceProject ImageJマニュアル：キーボードショートカット - ImageJ日本語情報まずは登録されて…
mecobalamin.hatenablog.comCouseraのMarchine Larningを修了した 期限より早く終わったけど長かった。。。 ちなみに期限は10月良い講義だった修了するとcertificateの PDFを発行してくれる certificateにはStanfordの名前と Andrewのサインが入ってるCVに記…
write_adv(adv_url_004); boxplotに元データの点を重ねたい 蜂群図（ほうぐんず）というらしいこちらのサイトを参考にさせてもらった Rで箱ひげ図と蜂群図を合体させる | Takuro FUJITA@NIT, Fukui College ビースウォーム | 値を点としてグラフ上にプロット…
courseraでMachine Learningを受講中 www.coursera.orgcourseraとはオンラインで講義を配信している団体だそうだ コーセラ - Wikipedia創設者の一人のAndrew Ngが講師をしている Machine Learningの評判がよい ググるといくつも紹介記事が出てくる 例えばこ…
興味深かったのでメモ knqyf263.hatenablog.com作ったものに対して対価をちゃんと払う考えかたがいいな タダなんだから勝手に使われそうだけど 対価を払って雇うなんて日本ではあるかな それとは別にちょっと考えてたことのメモITの世界だとGitHubでソースを…
本とリンクのメモData Science Libraryシリーズ Rで楽しむベイズ統計入門 ［しくみから理解するベイズ推定の基礎］ gihyo.jp 『Rで楽しむベイズ統計入門』サポートページ GitHub - okumuralab/bayesbook奥村晴彦先生はLaTeXの本でお世話になってた 相当昔の…
ImageJのマクロでもやってみたmecobalamin.hatenablog.comImageJは画像処理ソフト ImageJ - Wikipedia 気になる点もあるけど使い勝手がいいNIHのダウンロードサイト ImageJマクロのドキュメント Macro Language Built-in Macro Functions書いたマクロがこれ …
wslのフォントを変更する視認性の高いプログラミングフォント「Myrica」をWindows＋Sublime Textで使う方法 プログラミングフォント Myrica / Estable | Myrica （ミリカ）は、フリーなプログラミング用 TrueType フォントです。前から気になってたんだけど …
write_adv(adv_url_008); 以前edgeRでリードカウントの正規化をした 同じ結果をDESeq2を使って正規化してみる 正規化の方法が違うらしいDESeq2のマニュアル これは読むべき Analyzing RNA-seq data with DESeq2マニュアルはDESeq2をインストール後に browseV…
dockerをwslで動くようにインストールした mecobalamin.hatenablog.com とりあえずhello-worldは動いたが、目的のコンテナが動いてくれないもうちょっと情報集め試しに他のコンテナが動くかどうかを調べたいDocker Hubってのがあった https://hub.docker.com…
condaでインストールするパッケージで、 python2.xで動くのがある 仕組みがよくわかってないけどこのパッケージを condaのコマンドでインストールすると pythonを3.xから2.xに変えてしまうっぽいなので2.x系で動くパッケージはpython2.xが動く環境を作成して…
pythonとOpenCVを使って画像認識をしたい対象は猫ではないけど やりたいのはこんな感じのこと openCVで物体認識 by traincascade - QiitaOpenCVってなんだ OpenCV - Wikipediaとりあえず必要なプログラム・コマンドのインストール画像の下処理はImageJで行う…
前回の続き mecobalamin.hatenablog.com今回は測定結果 内蔵SSD、SATA接続 $ bash ./fio-cdm_190518.sh /mnt/c/fio_tmp fio-3.1 /mnt/c/fio_tmp | | Read(MB/s)|Write(MB/s)| |------|-----------|-----------| | Seq | 2339.000| 1743.000| | 512K | 2223.0…
以前windowsのCrystalDiskMarkを使って ストレージのベンチマークを測定した今回はwslのコマンドのfioを使って測定する以前書いた記事 mecobalamin.hatenablog.com fioのについてもちょっと書いてある mecobalamin.hatenablog.comfioのバージョンは3.1こちら…
ストレージのベンチマークを測定するコマンドにfioがある 調べてみると実行時のオプションとか 結果の出力結果とか、とても情報が多い 出力結果をうまく処理してくれるラッパーを作ってくれてる人がいるのだが、 シェルスクリプトで見たことない書き方があっ…
検索でこのページが引っかかっているようですが 消しちゃったので別の記事を載せます以前pythonとRでやったことをShell scriptでも書いてみた mecobalamin.hatenablog.com mecobalamin.hatenablog.com書いたスクリプトはこれ #!/bin/bash ppap_array=() ppap…
write_adv(adv_url_005); 21 June 2019追記 文章を少し修正した 追記ここまでfeatrureCountの結果をedgeRを使って正規化するこのtutorialのpdfファイルと以下のリンク先を参考にしたStatistical analysis of RNA-Seq data http://www.nathalievialaneix.eu/d…
TrinityでシークエンスデータをアセンブルしてBlastにかけるそのためにまずhisat2でゲノムにマッピングしたデータをアセンブルし、 できたfastaファイルをもとにblastのデータベースを作る そしてこのデータベースと目的の遺伝子を 記入したfastaファイルを…
GTFファイルからBAMファイルにフォーマットを変換したいまずフォーマットについて。 GTF/GFF GTFとGFFフォーマット - macでインフォマティクスSAM/BAM BAM – 遺伝子発現解析（マイクロアレイ解析, RNA-seq） https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/mapping/sam.ht…
ファイルの書き込みに時間がかかってる 実際にディスクの書き込み速度がどの程度違うか比較した比較したのはPC内蔵のSSD、HDD、USB3.1接続のHDD、USBメモリ、それとRAMディスク計測はCrystal Disk Markを使った USBメモリのみドライブとして認識されていなか…
5 October 2020 追記 誤字の修正 追記ここまで1 June 2019追記 インストールをやり直したらうまくいかない操作があったので書き直した 追記ここまで使いたいコマンドがDockerで配布されてたのでインストールしたいDockerとはなんぞや。。。 無償の「Docker f…
Rで時系列データの折れ線グラフを作る グラフを書くことよりも日付の処理が面倒だったのでそのメモ write_adv(adv_url_003); 12 December 2020 追記 データは異なるがPythonでも書いてみた mecobalamin.hatenablog.com 追記ここまで 作りたいのは気温と海水…
JBrowseにpluginを追加するインストール方法はここを参考にした。 How do I install a plugin JBrowse FAQ - GMOD試しにSashimiPlotのプラグインをインストールする まずpluginのダウンロードして展開 ディレクトリの名前をリネームするして JBrowseのディレ…
Atomが起動しなくなったので 再インストールここからダウンロード Atomインストールしたらそのまま使えた パッケージもインストールされてた 設定ファイルは残っているみたいだ起動しなくなった理由だけど Rのスクリプトをscript pluginで実行したら スペル…
iPad mini 5が出るような噂 もしかしたらmini 4が安く出るんではないかと 整備品の値段をappleのサイトでいちいち調べてた名前と値段のリストをとってくるスクリプトを書いてみた PythonのBeautiful Soup4をつかうスクレイピングについて参考にしたのはこの…
ライブラリを追加したくてapt-getを使ったら ファイルがダウンロードできずにエラーが出たので 解決方法のメモしとく欲しかったのはlibGL.so.1opencv_createsamplesをインストールして実行したら libGL.so.1がないってエラーが出たパッケージの探し方もよく…
17 May 2019追記 メモした内容で実際に正規化してみた mecobalamin.hatenablog.com mecobalamin.hatenablog.com追記ここまで write_adv(adv_url_003); featureCountsでリードカウントしたあとに 複数のデータを比較する場合、 カウントの正規化が必要らしい…
