RNA-seqその６、featureCountsでリードカウント

前回作ったbamファイルを使って発現量を調べる mecobalamin.hatenablog.com使うコマンドはfeatureCountこちらのサイトを参考にした featureCount で bam と gtf からリードカウントを得る | Tips for NGS Data Analysis https://ncrna.jp/blog/item/387-feat…

2019-02-26

RNA-seqその５、Hisat2でマッピング

RNA-seq hisat2 stringtie hg38 GRCh38 hisat2-build samtools JBrowse

RNAseqの結果をリファレンス配列にマッピングする mecobalamin.hatenablog.comレファレンスデータはヒトのゲノムデータ Human Genome Resources at NCBI - NCBI ここからReference Genome Sequenceをダウンロード28 Feb. 2019追記ヒトゲノムデータにはデー…

2019-02-26

RNA-seqその４、Fastqファイルのマージ

fastq RNA-seq

クリーニングしたFastqファイルを一つにまとめる mecobalamin.hatenablog.complinseq-liteで評価の良かったリードだけをマージするファイル名に"gd"を含むファイルを使うことになる read 1とread 2を区別するマージしたファイルは、マージ前と同じディレク…

2019-02-25

RNA-seqその３、trimmomatic

RNA-seq trimmomatic RAM disk ImDisk fastqc fastq-stat prinseq-lite

分割したFastqファイルのクリーニングをする mecobalamin.hatenablog.comtrimmomaticについて Trimmomatic | FASTQ クリーニングツールtrimmomaticを実行するとファイルへのアクセスがとても多い windowsのタスクマネージャーを見ると解析するデータが大き…

2019-02-25

JBrowseでbamファイルを表示する

RNA-seq apache2 genome browser JBrowse fasta gff bam bai

インストールしたJBrowseにゲノムデータを表示させる表示させるのはレファレンスにするヒトのゲノムデータと GRCh38_latest_genomic.fna ref_GRCh38.p12_top_level.gff3HeLaのRNAseqのデータから作ったbamファイルこっちが実験データの代わりになる sort_S…

2019-02-24

JBrowseのインストール、三度目の正直

JBrowse apache2 RNA-seq node.js perl miniconda libgd2-xpm-dev libgd-dev

12 October 2020 追記 mecobalamin.hatenablog.com JBrowseをdockerで動くようにした最低限必要なコマンドやライブラリをインストールした以下の記事を参照する mecobalamin.hatenablog.comdockerが使えていればubuntuのコンテナに JBrowseをインストールす…

2019-02-18

Atomでscript

r script python language-r

普段使っているエディターはAtom 殆どいじっていないが、 pythonとRを実行できるようにしてある必要なpackageは scriptとlanguage-rpackageをインストールしたら windowsのシステム環境変数で Rscriptのディレクトリにパスを通す \R-3.5.0\binwindowsの設定…