mecobalamin’s diary

人間万事塞翁が馬

genome browser

JBrowseをDockerで動かす、その6、bamファイルの登録

mecobalamin.hatenablog.com 続きです前回はJBrowseのテストデータを表示した 今回は自作のbamファイルをJBrowseに表示するbamファイルは以下のように作った mecobalamin.hatenablog.com できたのは次の2ファイル sort_SRR6799791.bam sort_SRR6799791.bam.…

JBrowseでbamファイルを表示する

インストールしたJBrowseにゲノムデータを表示させる表示させるのは レファレンスにするヒトのゲノムデータと GRCh38_latest_genomic.fna ref_GRCh38.p12_top_level.gff3HeLaのRNAseqのデータから作ったbamファイル こっちが実験データの代わりになる sort_S…

JBrowseのインストール 続き

24 February 2019 追記 やり直したので新しい方のリンク mecobalamin.hatenablog.comxlocale.hがなくてJBrowseのインストールで詰まった前回も参照したサイトに方法があった。 xlocale.h not found on Ubuntu while installing · Issue #16 · agracio/electr…

JBrowseのインストール

24 February 2019 追記 やり直したので新しい方のリンク mecobalamin.hatenablog.comゲノムデータをブラウザで表示するツールにJBrowseがある。 JBrowse · A fast, embeddable genome browser built with HTML5 and JavaScript 元論文はこちら JBrowse · A f…