2019-03-01から1ヶ月間の記事一覧
5 October 2020 追記 誤字の修正 追記ここまで1 June 2019追記 インストールをやり直したらうまくいかない操作があったので書き直した 追記ここまで使いたいコマンドがDockerで配布されてたのでインストールしたいDockerとはなんぞや。。。 無償の「Docker f…
Rで時系列データの折れ線グラフを作る グラフを書くことよりも日付の処理が面倒だったのでそのメモ write_adv(adv_url_003); 12 December 2020 追記 データは異なるがPythonでも書いてみた mecobalamin.hatenablog.com 追記ここまで 作りたいのは気温と海水…
JBrowseにpluginを追加するインストール方法はここを参考にした。 How do I install a plugin JBrowse FAQ - GMOD試しにSashimiPlotのプラグインをインストールする まずpluginのダウンロードして展開 ディレクトリの名前をリネームするして JBrowseのディレ…
Atomが起動しなくなったので 再インストールここからダウンロード Atomインストールしたらそのまま使えた パッケージもインストールされてた 設定ファイルは残っているみたいだ起動しなくなった理由だけど Rのスクリプトをscript pluginで実行したら スペル…
iPad mini 5が出るような噂 もしかしたらmini 4が安く出るんではないかと 整備品の値段をappleのサイトでいちいち調べてた名前と値段のリストをとってくるスクリプトを書いてみた PythonのBeautiful Soup4をつかうスクレイピングについて参考にしたのはこの…
ライブラリを追加したくてapt-getを使ったら ファイルがダウンロードできずにエラーが出たので 解決方法のメモしとく欲しかったのはlibGL.so.1opencv_createsamplesをインストールして実行したら libGL.so.1がないってエラーが出たパッケージの探し方もよく…
17 May 2019追記 メモした内容で実際に正規化してみた mecobalamin.hatenablog.com mecobalamin.hatenablog.com追記ここまで write_adv(adv_url_003); featureCountsでリードカウントしたあとに 複数のデータを比較する場合、 カウントの正規化が必要らしい…
GRCh38とhg38はヒトゲノムのシークエンスデータ ほとんど一緒らしい。 前にも引用させてもらったけどここに説明がある。 GRCh38とhg38の違い(含むミトコンドリア) GRCh38染色体名(ヘッダ行)が長く(gi|568815597|ref|NC_000001.11|)、hg38は簡潔(chr1)。 ヘッ…
JBrowseでbamを表示させるとリードがずらーっと並ぶ 実際にいくつあるのかわかりやすくするために ヒストグラムで表示したいbamをbigwig形式にする bam2wigとwigToBigWigを使う ここを参考にした bamからbigWigとWiggle Formatに変換するツール - macでイン…
