GRCh38とhg38はヒトゲノムのシークエンスデータ ほとんど一緒らしい。 前にも引用させてもらったけどここに説明がある。 GRCh38とhg38の違い(含むミトコンドリア) GRCh38染色体名(ヘッダ行)が長く(gi|568815597|ref|NC_000001.11|)、hg38は簡潔(chr1)。 ヘッ…

JBrowseでbamを表示させるとリードがずらーっと並ぶ 実際にいくつあるのかわかりやすくするために ヒストグラムで表示したいbamをbigwig形式にする bam2wigとwigToBigWigを使う ここを参考にした bamからbigWigとWiggle Formatに変換するツール - macでイン…

前回作ったbamファイルを使って発現量を調べる mecobalamin.hatenablog.com使うコマンドはfeatureCountこちらのサイトを参考にした featureCount で bam と gtf からリードカウントを得る | Tips for NGS Data Analysis https://ncrna.jp/blog/item/387-feat…

RNAseqの結果をリファレンス配列にマッピングする mecobalamin.hatenablog.comレファレンスデータはヒトのゲノムデータ Human Genome Resources at NCBI - NCBI ここからReference Genome Sequenceをダウンロード28 Feb. 2019追記 ヒトゲノムデータにはデー…

クリーニングしたFastqファイルを一つにまとめる mecobalamin.hatenablog.complinseq-liteで評価の良かったリードだけをマージする ファイル名に"gd"を含むファイルを使うことになる read 1とread 2を区別するマージしたファイルは、マージ前と同じディレク…

分割したFastqファイルのクリーニングをする mecobalamin.hatenablog.comtrimmomaticについて Trimmomatic | FASTQ クリーニングツールtrimmomaticを実行するとファイルへのアクセスがとても多い windowsのタスクマネージャーを見ると 解析するデータが大き…

インストールしたJBrowseにゲノムデータを表示させる表示させるのは レファレンスにするヒトのゲノムデータと GRCh38_latest_genomic.fna ref_GRCh38.p12_top_level.gff3HeLaのRNAseqのデータから作ったbamファイル こっちが実験データの代わりになる sort_S…

12 October 2020 追記 mecobalamin.hatenablog.com JBrowseをdockerで動くようにした最低限必要なコマンドやライブラリをインストールした 以下の記事を参照する mecobalamin.hatenablog.comdockerが使えていればubuntuのコンテナに JBrowseをインストールす…

普段使っているエディターはAtom 殆どいじっていないが、 pythonとRを実行できるようにしてある 必要なpackageは scriptとlanguage-rpackageをインストールしたら windowsのシステム環境変数で Rscriptのディレクトリにパスを通す \R-3.5.0\binwindowsの設定…

condaでパッケージをインストールするときの注意点 pythonとパッケージをインストールしたはずなんだけど コマンド実行中にモジュールが見つからないってエラーが出ることがある実際Trinityを使っててnumpyがないってエラーがでた パッケージを入れてあるか…

シークエンスのデータの入手方法には 公共のデータベースからシークエンスデータをダウンロードする シークエンスを行う などがある。今回は公共のデータベースのデータを使う 公共データベースによって登録されているファイル形式は異なる NCBIはSRA、DDBJ/…

wsl上でRNA-seqの解析を行う 手順を教えてもらったのでそのメモメモするのは コマンドのインストール(このページ) RNA-seqその２、データのダウンロードと変換 - mecobalamin’s diary RNA-seqその３、trimmomatic - mecobalamin’s diary RNA-seqその４、Fast…

24 February 2019 追記 やり直したので新しい方のリンク mecobalamin.hatenablog.comxlocale.hがなくてJBrowseのインストールで詰まった前回も参照したサイトに方法があった。 xlocale.h not found on Ubuntu while installing · Issue #16 · agracio/electr…

24 February 2019 追記 やり直したので新しい方のリンク mecobalamin.hatenablog.comゲノムデータをブラウザで表示するツールにJBrowseがある。 JBrowse · A fast, embeddable genome browser built with HTML5 and JavaScript 元論文はこちら JBrowse · A f…