JBrowseをDockerで動かす、その4、JBrowseのインストール

ボリュームのJBrowseにJBrowseをインストールする
名前を一緒にしてしまってややこしい

以下のコマンドでマウントしているものとする

$ docker run --rm -v /e/hoge:/tmp/fuga -v JBrowse:/usr/share/nginx/html/ -it --name jbrowse jbrowse

まずJBrowseのアーカイブのダウンロード
JBrowse · A fast, embeddable genome browser built with HTML5 and JavaScript
ここからリンクをたどって最新版をインストールする
今回は1.16.10-devを使う
https://github.com/GMOD/jbrowse/archive/1.16.10-release.zip
コンテナを削除するとアーカイブも消えるので
マウントしたwindowsのディレクトリに保存する
jbrowseのコンテナで以下のコマンドを実行する

$ cd /tmp/fuga
$ wget https://github.com/GMOD/jbrowse/archive/1.16.10-release.zip

ダウンロードが済んだらアーカイブを
Docker内のディレクトリに移動して展開する
windowsのディレクトリで展開すると所有権がrootではない
実際どのような問題があるかわからないが気持ち悪いので移動後に展開している

展開したディレクトリを/usr/share/nginx/htmlに移動し
インストールシェルスクリプトsetup.shを実行する
使ったコマンドは以下の通り

$ cd /tmp
$ cp ./fuga/jbrowse-1.16.10-release.zip ./
$ unzip jbrowse-1.16.10-release.zip
$ mv ./jbrowse-1.16.10-release /usr/share/nginx/html/jbrowse
$ cd /usr/share/nginx/html/jbrowse/
$ ./setup.sh

次のようなメッセージが表示されたらインストール成功

Gathering system information ...done.
NOTE: Legacy scripts wig-to-json.pl and bam-to-json.pl have been removed from setup. Their functionality has been superseded by add-bam-track.pl and add-bw-track.pl. If you require the old versions, please use JBrowse 1.12.3 or earlier.
Installing node.js dependencies and building with webpack ...done.
Installing Perl prerequisites ...done

Formatting Volvox example data ...done.
To see the volvox example data, browse to http://your.jbrowse.root/index.html?data=sample_data/json/volvox.

Formatting Yeast example data ...done.
To see the yeast example data, browse to http://your.jbrowse.root/index.html?data=sample_data/json/yeast.

次はNginxを起動してインストールされたデモデータをブラウザから確認する

続きます。